这里的宽容不是讲个人的宽容。个人不宽容只能以大多数人不介意为极限，而官方不宽容则可以权力浩大。宽容如同自由，只是乞求是得不到的，只有永远保持警惕才能保住它。《宽容》讲述的就是千百年来欧洲文明如何在宽容事业上的一点一滴前进的故事。直到现在，“不宽容”仍在向我们进军，我们不能再坐以待毙。虽然历史并不能告诉我们如何建立一个宽容的社会，但至少我们多少可以学到如何避免这些悲剧的发生。
故事从原始时代讲起。原始人把一切事情都归为生灵操纵，为让社会维持下去，就要靠专横的制度，使所有人绝对服从能平息上帝怒火的律法。那时没有军队和警察，靠的是忌讳来保护这些条例。这对他们来说也是理所当然的事。那时候还没有什么宽容的概念。
古希腊和罗马
一直觉得古希腊人是个神奇的存在，在两三千年前黑暗的欧洲就孕育出如此璀璨的文明。希腊人自由思考的风气得益于他们独特的众神信仰。他们认为宙斯并不把他本人和它的天国看得太重（本来就像人间一样乱糟糟的），因而古希腊从未有过条例森严的教规，这为独立思考精神的发展提供了广阔的背景。泰勒斯（前 624～547）勇敢地把一切自然现象看作是受永恒法则（而不是天神）支配的结果。阿那克萨哥拉（前 500～428）谈及世间万物由“种子”产生，这与天神背道而驰，由此而受到大肆攻击。苏格拉底（前 200～100）进一步宣称塑造命运的不是上帝，而是每个人自己，因此我们需要宽容和自由。苏格拉底也为此付出代价，从容就义。可见希腊人的宽容也是有限度的，只不过他们的限度相对更大一些罢了。与其扎根民众的老师不同，世家（梭伦）出身的柏拉图是惧怕生活的人。他厌恶平民在政治上的争吵，认为宗教必不可少，所有人都必须服从规定。希腊的宽容是因为老一代希腊思想的领袖人物把宽容精神置于明确结论之上。而罗马人的宽容则是因为他们从不关心这些理论问题，除了不允许过问政治其他都是可以容忍的。“罗马和平”赖于“待人宽则人亦待己宽”以及类似于“如果那位上帝认为必须补偿他所蒙受的损失，他一定会自己关照的”这样的逻辑。
基督教
随着社会的进步，普通百姓逐渐开始认为大部分古代神话是愚昧祖先的产物，却又接受不了高高在上的哲学思想。这时各种宗教行会开始趁虚而入。由于长年的征战使得财富集中于少数权贵手中（《人类的故事》有详细的描述），大量市民破产涌入凄凉的贫民窟。而不久前还在世的基督让人有亲身接触的感觉，基督教由此获得优于其他教义的优越性。同时罗马广阔的疆土和中央集权也帮助了简单又实用的基督教统一世界。
基督教早起只有松散的集会，为了对付警察的搜捕（那时罗马当局认为他们已触动统治根基），集会推选出常任的执事。集会扩大之后就有了负责区域事务的长老（神父），进而产生教区总监（主教）。到了 258 年，罗马大主教（教皇，圣父）成为地位最为显赫的主教，统领整个教会。在罗马迁都拜占庭后，教皇声望更是迅速扩大。313 年，君士坦丁大帝为获得教会支持，以官方名义承认基督教会，并颁布《宽容法》，使基督教成为国教。363 年，异教徒朱利安皇帝死后，基督教立即开始扫荡欧洲。到公元 5 世纪上半叶，基督徒将异教偶像移走；教皇也毫不夸张地宣称，古代哲学家的书已经从地球上消失了。自诩正确和专横的风气弥漫了整个世界。
12 世纪到 15 世纪，为镇压普罗旺斯人对基督教的质疑和叛逆，教会组建特别法庭并授意十字军烧杀掳掠。后来在此基础上逐渐建立起各地宗教法庭，而教会亦藉此搜刮了许多民脂民膏。没有限制的权力必然导致权力的滥用。为了控制思想，教会编排了《禁书目录》。但却起到反面的效果，《禁书目录》为公众瞩目，书商争相盗印。现在国 an 部或伟大的防火墙和这个目录一样，经过它们认证的人或者网站一般都是好东西。
文艺复兴和宗教改革
14 世纪到 16 世纪的文艺复兴不是钻研科学的时代，在精神领域也缺乏真正的志趣，三百年间主导的是美和享乐。冒险家们的经历激发了人们对生活新的向往，同时里面也蕴藏着一种潜在的不满。人们开始从“我们知道”走向“我们真的知道吗？”。
16 世纪到 17 世纪的宗教改革实际上是一场不可避免的社会和经济革命，神学背景微乎其微。它是各民族反抗教会这国上之国的产物，制造出无数意见分歧的小团体。这些小团体的当权者并没建立宽容的统治，而是效法教会打击异端。尽管如此，宗教改革还是使得人们熟悉了《圣经》，扫除了《圣经》的神秘感，也就扫除了自由思考的障碍；另一方面宗教改革也把西欧和北欧从权力专制中解脱出来。从此，不同禁地之间形成了精神上的“无人区”，人们可以在此自由思考。
这数百年间，社会在牛人们的推动下开始一点一点的进步。伊拉斯谟和拉伯雷带领人们摧毁了旧的社会，可惜下一代人没能另起炉灶，加尔文在日内瓦建立起新的集权统治。索兹尼的信仰与其他人截然不同，呼吁让每个人自由地判断他的宗教。道理很简单，我们唯一的主是耶稣，大家都是兄弟，谁都没有资格凌驾于其他人之上。在政治上也有蒙田促成法国的《国家宽容法》产生。与此同时，商业发达的地区如威尼斯和阿姆斯特丹出于经济利益考虑，也实行宽容的宗教政策。而荷兰共和国则是殊途同归。它由数百个贵族家庭控制，这些人把国家视为似有财产，因而压抑宗教的过度狂热（以防破坏国家稳定），这使得荷兰成为国际思想交换站。到了 17 世纪，笛卡尔和斯宾诺莎摈弃旧宗教的狭隘界限，建立起崭新的思想体系。洛克的《关于宽容的信》从根本上否定国家有权干涉宗教，教派间也不应利用政治势力相倾轧。
近代
18 世纪伏尔泰利用他的个人关系和影响，通过法律和各方压力保护被宗教法庭迫害的人，使得宗教法庭只有在暗地里才能达到目的。法国大革命推翻了旧的残暴统治，却带来新的暴政。谁敢坚持说人民的意愿不一定正确，也就会被处死。两次世界大战和现在遍布世界的恐怖活动，时时提醒我们不能放松警惕，宽容事业还有待我们人类千千万万年的努力和奋斗。
全书的后记和《明朝那些事儿》一样充满了历史沧桑感，不过《宽容》少了几分玄乎和感慨，多了几分力量和使命感。